Исследование генетических основ иммунного ответа и, в частности, генетических механизмов, обусловливающих устойчивость или восприимчивость организмов к патогенам, является нетривиальной задачей, требующей особого подхода к выбору объектов и методики исследования. В данной работе мы сравнили действие естественного отбора на иммунокомпетентные и нейтральные локусы атлантического лосося (Salmo salar L). Было показано, что направленный отбор действует с большей интенсивностью на генетические маркеры, связанные с иммунной функцией, чем на нейтральные маркеры. Действие патоген-индуцированного отбора подтверждается также наличием корреляции между частотами аллелей иммунных локусов (EST-маркеры и MHCII) и чувствительностью к паразиту Gyrodactylus salaris, а также соленостью и температурой воды. Все маркеры были информативны, что подтверждает применимость EST-локусов для изучения действия естественного отбора, а также свидетельствует в пользу обоснованности использования неравномерной интенсивности отбора в популяциях как «маркера» для поиска генов, кодирующих иммунный ответ организма-хозяина.