На основе комплексного изучения концентраций тяжелых металлов и диатомового анализа приповерхностных донных осадков проведена оценка загрязнения и воздействия токсикантов на диатомовые комплексы в нижнем течении р. Шуи. При повышении содержания тяжелых металлов значительно возрастает доля галофилов, появляются некоторые мезогалобы, снижается или выпадает из сообщества ряд планктонных диатомей рода Aulacoseira sp., которые вытесняются более толерантными видами Aulacoseria granulata var. angustissima, Melosira varians, Navicula cryptocephala, N. rhyncocephala, N. viridula, многими видами рода Nitzschia sp. Выявлена взаимосвязь геохимических данных и диатомовых комплексов и их зависимость от различных факторов среды: характера русла, типа техногенной нагрузки.