В статье обобщены результаты многолетних исследований влияния некоторых факторов среды (температура, соленость и аноксия, загрязнение водоема) на биохимический статус гидробионтов, обитающих в озерах Республики Карелия, сопредельных регионов и акватории Белого моря. Показана возможность применения различных биохимических параметров для оценки состояния рыб, моллюсков и изучения стратегии и механизмов их адаптаций в зависимости от природы воздействующего фактора или поллютанта. Рассмотрены особенности изменения активности ферментов и изоферментов энергетического и углеводного обменов, лизосомальных нуклеаз, цистеинзависимых внутриклеточных протеиназ (лизосомальных катепсинов и кальций-активируемых протеиназ цитозоля) липидного и жирнокислотного состава мембран в ответ на воздействие факторов среды.