В статье рассматривается структура российской экономики по секторам, в качестве которых были выбраны крупнейшие по валовому региональному продукту (ВРП) регионы. Рассматривается динамика показателей, характеризующих эффективность развития российской экономики, и оценивается влияние них отдельных секторов и структурных сдвигов. По каждому сектору построены производственные функции, связывающие основные показатели развития. Для исследования влияния мезоуровня на макроуровень построены модели, связывающие параметры уравнений разных уровней и позволяющие оценить влияние структурных сдвигов на показатели эффективности экономики. На основе предложенного подхода определена оптимальная структура российской экономики при некоторых ограничениях и проведено сравнение полученных результатов с дореформенным периодом. В итоге получены данные, что влияние структурных сдвигов на темпы экономического роста оказалось значимым в середине 90-х годов, когда оно составляло 2–3 %, затем оно упало до нуля, немного выросло в 2003–2004 гг. – до 0,2 %, а с 2007 г. стало отрицательным. Наибольшее влияние на эффективность оказала Москва, в среднем 16 % прироста производительности труда в РФ было связано с развитием московской экономики, а в отдельные годы эта цифра доходила до 40 %. Влияние регионов на величину эластичности по фондам несколько различалось; неожиданно высоким оказалось влияние Москвы – в среднем в 90-х годах примерно 65 %, а в 2000-х годах – 30 %. Расчеты показали отсутствие оптимальности распределения инвестиций, скорее политика до реформ и в 2000-х годах была направлена на поддержание определенных пропорций производства по регионам и на поддержку слабых.