В пелагическом и литоральном планктоне Онежского озера насчитывается 426 видов, разновидностей и форм диатомовых водорослей (55 % всего списка), относящихся к 2 классам (Centrophyceaeи Pennatophyceae), 7 порядкам, 18 семействам и 44 родам. Из 399 видов-индикаторов галобности и 392 видов, являющихся индикаторами по отношению к pH среды, индифферентные виды составляют, соответственно, 300 видов (75 %) и 203 вида (52 %). Из 245 видов-индикаторов сапробности 27 % относится к олигосапробным, 22 % к олиго-р-мезосапробным и 26 % к р-мезосапробным формам. Подавляющую долю в структуре общей численности и биомассы фитопланктона в озере во все сезоны года формируют диатомовые водоросли.