В статье приводятся результаты комплексного изучения локальными методами морфологии, прецизионной геохимии и рамановских спектров гетерогенных и полигенных зерен цирконов из основных пород предположительно палеопротерозойского возраста - рудных (Pt-Pd-Au) амфиболитов в массиве Травяная Губа, расположенном в Беломорском подвижном поясе. Охарактеризованы две группы цирконов, различающихся по морфологии и по содержанию U, REE и ряда других микроэлементов. Впервые дается описание обрастаний (shells) или оболочек (rims) и внутренних (cores) частей зерен двух морфотипов цирконов - цирконов-1 и цирконов-2. Анализ рамановских спектров показал, что среди высокоурановых зерен циркона-1 обнаруживаются как зерна с высокой степенью сохранности кристаллической решетки, так и аморфные метамиктизированные зерна. Широкие вариации типов спектров в пределах одного зерна отражают гетерогенное строение с разной степенью кристалличности/аморфности его решетки, связанное с неравномерным распределением элементов, главным образом, урана и тория. Степень кристалличности оболочек цирконов-1 выше, чем ядер, представляющих радиационно-поврежденный циркон, дающий два сигнала: один из искаженной кристаллической решетки, а другой - от аморфизованного циркона. Низкоурановые зерна циркона-2 характеризуются более однородным строением кристаллической решетки с четкими сигналами на спектрах. Показано, что комплексное изучение локальными методами морфологии, микроэлементной геохимии и состояния кристаллической решетки внешних и внутренних частей гетерогенных и полигенных зерен цирконов является эффективным механизмом для реконструкции полистадийных петрологических и рудогенных процессов.