Приводятся сведения о видовом разнообразии афиллофоровых грибов Валаамского (Ладожское озеро) и Соловецкого (Белое море) архипелагов. По результатам исследований на Валаамском архипелаге отмечено 156 видов, на Соловецком – 247. Возможное количество найденных видов на территориях архипелагов может оцениваться цифрами 230–240 и 300–310 видов соответственно. На обоих архипелагах были встречены 117 видов, только на Валаамском архипелаге отмечены 38 видов, на Соловецком – 132, только на островных территориях субъектов отмечено 3 и 16 видов. Сходство микобиоты (коэффициент Съеренсена–Чекановского) данных территорий составляет 0,58. Проведен структурно-таксономический анализ островных микобиот, а также географический, эколого-морфологический и трофический. На островных территориях, как и в целом в региональной микобиоте, преобладают мезофилы; больший процент ксерофильных видов на Валаамском архипелаге объясняется преобладанием светлохвойных сосновых лесов. Установлено, что по типу ареала преобладают мультирегиональные и голарктические виды, по географическому элементу – бореальные и мультизональные. На островных территориях преобладают сапротрофы, по сравнению с прибрежными территориями на архипелагах возрастает роль факультативных патогенов, развивающихся на основных лесообразующих породах (ель, сосна, береза и осина). Общее число напочвенных видов – 28, на плодовых телах других грибов отмечено 10 видов и 1 вид – на сосновых шишках. Приведен список 35 редких, индикаторных и охраняемых видов.

Островные экосистемы способствуют сохранению и поддержанию биоразнообразия. Для рассмотренных островных территорий имеются как общие закономерности, так и индивидуальные отличия. Антропогенные трансформации экосистем сказываются на биоразнообразии, частоте встречаемости индикаторных и редких видов.