Представлены новые данные, полученные в результате изучения состава диатомовых комплексов поверхностных донных отложений из восьми озер Заонежья, расположенных на различных абсолютных отметках над уровнем моря. Выявлены условия развития диатомовой флоры, реконструированы минерализация воды в водоемах, кислотность среды, тенденции климатических изменений в современную эпоху. Установлена прямая зависимость минерализации воды в озерах от пород кристаллического фундамента и состава четвертичных отложений, размеров и глубины водоемов, расположения их в зонах разломов. Диатомовые комплексы водоемов свидетельствуют о направленном тренде к потеплению климата, что проявляется в снижении или даже исчезновении арктоальпийских форм, расширении спектра бореальных и космополитов. На основе выделения доминирующих видов установлены сходства и различия в развитии водоемов, получены предварительные результаты о времени их отделения от Онежского приледникового озера (ОПО), показано изменение его уровня в позднеледниковье и голоцене.