Ихтиофауна Онежского озера неоднородна в экологическом отношении и состоит из трех основных групп видов: холодноводных, относительно тепловодных и фоновых. Совместный анализ экологии рыб, особенности видового состава рыбного населения озера (а также прилежащих водных бассейнов) и палеолимнологические материалы позволили наметить следующую схему появления этих групп рыб. Вселение осуществлялось двумя основными волнами. Первая из них, наиболее древняя, включает холодноводные (микулинские реликты) и некоторые фоновые виды. Они появились в позднеледниковье во время существования Южно-Онежского приледникового водоема. Вторая волна, более молодая, представлена относительно тепловодными видами (Волго-Каспийские иммигранты). Они проникли в озеро в плювиальную эпоху голоценового климатического оптимума из Верхне-Волжской водной системы через бассейн Белого озера непосредственно или (что более вероятно) через бассейн реки Онеги.