Представлены результаты изучения генетического разнообразия и популяционной структуры Arabidopsis thaliana острова Валаам с целью выявления молекулярно-генетических механизмов и микроэволюционных процессов в условиях изоляции вида на острове, представляющего северную периферию его ареала. Оценена вариабельность 95 RAPD-локусов в 4 локальных местах произрастания растений на острове. Выявлен повышенный уровень генетического разнообразия изученных групп растений (средние значения P99% = 29,2% и Hexp = 0,092) по сравнению с другими самоопылителями. Однако генетическая изменчивость A. thaliana Валаама оказалась не такой высокой, как в континентальных популяциях арабидопсиса Карелии, что было показано нами ранее. Предполагается, что это связано с расположением острова в более южных широтах и более мягким климатом его, а также может зависеть от низкой интенсивности миграционного потока генов с материка из-за изолированного положения вида на острове. Выявлен высокий уровень генетического сходства по Нею изученных групп растений (среднее IN = 0,949). С помощью статистик генного разнообразия Нея установлено, что на межгрупповую изменчивость (GST) приходится 39,0% общего генного разнообразия, что невелико для инбредных видов. Полученные данные позволяют предположить, что вид A. thaliana представлен на Валааме единой подразделенной популяцией, в которой отдельные субпопуляции связанны между собой миграционными взаимодействиями. Такая популяционная структура противодействует инбридингу, присутствующему в природных популяциях ограниченной численности, и способствует сохранению генетического разнообразия, которое является основой адаптации и выживания популяций.