Юпяужсуо - крупнейшая болотная система Карелии, которая была включена вместе с большей частью болотной системы Кепашуо в состав образованного в 2015 г. регионального гидрологического (болотного) заказника «Юпяужсуо». Болотная система Юпяужсуо обследовалась разными специалистами в 1954, 2003 и 2010 гг. В 2013 г. было проведено изучение флоры болотных, лесных, водных, береговых, производных и трансформированных биотопов, включая и недостаточно обследованные ранее болота Кепашуо. В настоящей работе представлены современные данные по флоре сосудистых растений и мхов на указанной ООПТ. Впервые приводится список видов и рассматривается их встречаемость в биотопах заказника. На обследованной территории обнаружено 242 вида сосудистых растений и 111 видов мхов. Флора характеризуется относительно невысоким разнообразием, при этом наибольший вклад в биоразнообразие вносят биотопы приречных ельников и берегов, занимающие менее 3 % территории заказника. В них выявлено 128 видов сосудистых растений (53 % от общего количества) и 53 вида мхов (48 %). На болотах, занимающих 67 % территории, отмечено 76 видов (31 %) сосудистых растений и 51 вид (45 %) мхов. Во флоре обнаружен ряд бореально-неморальных видов, находящихся вблизи северных границ их ареалов. В Красную книгу РФ внесен Dactylorhiza traunsteineri, а в Красную книгу РК кроме данного вида включены Carex laxa и Orthotrichum gymnostomum.