Приведены результаты исследования активности лизосомальных протеиназ (катепсинов B и D) в органах (мышцы, печень, жабры, гонады) колюшки трехиглой (Gasterosteus aculeatus L.) в нерестовый период из различающихся по гидрологическим и экологическим факторам биотопов Белого моря. В начале нерестового хода наиболее высокая активность катепсина В в мышцах и печени самок колюшки характерна для рыб из губы Сельдяная, что говорит о сравнительно высоком протеолитическом потенциале аутофагического типа у этих рыб. К концу нереста активность катепсина В в мышцах и печени колюшки из лагуны Сухая и из пролива Сухая Салма повышается, а у рыб из губы Сельдяная снижается. Увеличение к концу нереста активности катепсина D в мышцах колюшки из губы Сельдяная и особенно из пролива Сухая Салма на фоне небольшого ее снижения у рыб из лагуны Сухая позволяет сделать предположение о синергическом, хотя и разнонаправленном, характере изменения активности катепсинов В и D во внутриклеточном протеолизе у самок колюшки из разных биотопов в процессе нереста. Результаты исследований свидетельствуют о наличии корреляции между активностью изученных ферментов, временем нереста (май/июль) колюшки и условиями местообитаний. При этом ведущим фактором, влияющим на активность лизосомальных протеиназ и, соответственно, на гидролиз белков у колюшки в этот период являются, по‑видимому, физиологические изменения в организме рыб, направленные на завершение нереста и готовность рыб к последующему оплодотворению.