В пределах территории заповедника "Кивач" преобладают структурно-денудачионный, ледниковый и водно-ледниковый типы рельефа. Последний поздневалдайский ледниковый покров отступил из рассматриваемой территории около 11500 лет назад, но большая часть заповедника оставалась перекрытой водами древнего Онежского озера до середины бореального периода 9000-8500.