Озеро Ведлозеро является аккумулирующей системой многопланового антропогенного воздействия. В его бассейне, начиная с 70-х годов прошлого столетия, произошли значительные изменения ландшафтной структуры водосборов и ручьев в юго-восточной и западной частях озера. Сведение лесов, распашка и мелиорация земель, все это обогатило озерные воды биогенными и органическими веществами. В воды северо-восточного залива озера поступают значительные количества сточных вод поселка Ведлозеро и воды р. Вохтозерки, водосбор которой освоен в сельскохозяйственном отношении. Высокие среднегодовые концентрации общего фосфора 47-173 мкг/л в воде залива обуславливают постоянное «цветение» воды в период открытой воды. Воды залива интенсивно подвержены «цветению» сине-зеленых водорослей (цианобактерии), которые при жизни выделяют токсичные вещества (нейро-, гепато- и дерматотоксины), опасные для людей и животных. Массовое развитие цианобактерий в воде северо-восточного залива оз. Ведлозеро в летний период стало вызывать у купающихся жителей пос. Ведлозеро, особенно у детей, поражение кожной поверхности тела – аллергический дерматит.