Известно, что одним из основных компонентов шунгитовых пород (С_орг 35–80%) и лидитов (С_орг до 5%) является кремнезем. В результате анализа установленных разновидностей структур шунгитовых пород выявлены две генерации кварца. Исследование морфологии кварца в составе шунгитовых породах показало, что аутигенный кремнезем имеет коллоидную природу. В породах сохранились признаки замедленного диагенеза органического и кремнистого вещества: высокая дисперсность минеральных обособлений, слабая раскристаллизованность, глобулярная и другие метаколлоидные формы выделений. Определены значения отношения (O/Si)_ат для различных форм проявления кварца в шунгитовых породах. Объекты для исследования были отобраны на месторождениях Шуньгское, Зажогинское и Максовское (Онежская палеопротерозойская структура, Карельский кратон, ЮВ часть Фенноскандинавского щита). Результаты исследования позволяют предположить, что структурное состояние аутигенного кварца формируется на ранних стадиях литогенеза в условиях активного взаимодействия с органическим веществом. Очевидно, что частично или полностью ОВ сохранило связь с кремнистым веществом шунгитовых пород в процессе катагенетических преобразований.