Национальный парк «Водлозерский» является одной из самых крупных особо охраняемых природных территорий в таежной зоне Российской Федерации: его площадь составляет 472,4 тыс. га. В связи с обширностью территории и трудно-доступностью многих участков флора парка выявлена не полностью. В последние годы здесь обнаружено 13 новых для парка аборигенных видов: Anemonoides nemorosa, Carex rotundata, Cypripedium calceolus, Diphasiastrum × zeilleri, Epipactis helleborine, Euphrasia parviflora, Juncus alpinoarticulatus subsp. fischerianus, Lemna trisulca, Malaxis monophyllos, Myriophyllum sibiricum, Neottia nidus-avis, Ophioglossum vulgatum и Rumex pseudonatronatus. В архангельской части парка обнаружено 4 новых вида, в карельской – 9. Кроме того, аборигенные виды Epipogium aphyllum и Veratrum lobelianum впервые отмечены в карельской части, причем V. lobelianum занесен из северной части парка водными туристами. В архангельской части впервые найден Botrychium lunaria. Аборигенные виды Cypripedium calceolus и Neottia nidus-avis охраняются в Республике Карелия; рекомендованы для биологического надзора в Архангельской области Botrychium lunaria и Ficaria verna, а в Республике Карелия – Malaxis monophyllos. Два вида – Cypripedium calceolus и Epipogium aphyllum – внесены в Красную книгу Российской Федерации. Выявлено также 12 новых чужеродных видов: Allium fistulosum, A. sativum, Campanula latifolia, Chelidonium majus, Cosmos bipinnatus, Epilobium pseudorubescens, Impatiens glandulifera, Leonurus cardiaca subsp. villosus, Malus domestica, Myosotis sylvatica, Rheum rhabarbarum и Symphyotrichum novi-belgii; все они обнаружены в единственном на территории парка населенном пункте – д. Куганаволок. В Карелии они достаточно типичны для различных вторичных местообитаний.