В статье приведены результаты изучения субрецентных спорово-пыльцевых спектров (СПС) и современной водной растительности четырех малых озер на о. Валаам (Ладожское озеро) – Германовского, Зимняковского, Антониевского и Витальевского. Установлено, что изученные островные озера представляют собой сильно гумифицированные, слабо заросшие водоемы с характерной водной растительностью. Преобладающим видом среди погруженных гидрофитов для озер Германовского, Антониевского и Витальевского является мох Fontinalis antipyretica Hedw. Среди плавающих гидрофитов и гелофитов для озер Германовского и Зимняковского доминирует Nuphar lutea (L.) Smith; для оз. Антониевского – Nuphar lutea (L.) Smith, Nymphaea candida J. Presl. и Potamogeton spp; для оз. Витальевского – Lemna minor L. и Hydrocharis morsus-ranae L. Рассмотрено сходство видового состава макрофитов между субрецентными СПС и современной водной растительностью озер. Высокий уровень сходства отмечен только для двух водоемов – для оз. Антониевского значения качественных индексов Жаккара и Серенсена-Чекановского составляют 0.60 и 0.75 соответственно; для оз. Зимняковского наблюдается высокое значение количественного индекса Брея-Кертиса (0.76). Однако почти все доминирующие по площади зарастания на момент изучения современной растительности виды макрофитов представлены в субрецентных СПС, что позволяет говорить о довольно адекватном отражении водных растений в поверхностных пробах озерных отложений. Полученные результаты показывают перспективность изучения пыльцы макрофитов в поверхностных пробах и колонках донных отложений озер для характеристики современных озерных экосистем, а также в палеолимнологических исследованиях для реконструкции их динамики в прошлом.