В статье представлены результаты проведенного в марте 2021 г. исследования содержания биогенных, органических и взвешенных веществ в системе «снег на льду – лед – подледная вода» в центральной части Онежского озера и его крупнейших заливах (Петрозаводская и Кондопожская губы). Установлены закономерности распределения макро- и микроэлементов в сложной гидро-криогенной системе. Наибольшее содержание Р_общ и N_общ выявлено в подледной воде. В снежном покрове Петрозаводской губы и центральной части озера среди азотсодержащих веществ преобладали нитраты, в Кондопожской губе – азот аммонийный; Р_общ был представлен преимущественно минеральными формами. Верхний слой льда исследованных районов озера характеризуется более высокими концентрациями биогенных веществ, чем нижний. В подледной воде в вершине Петрозаводской губы, куда впадает р. Шуя, преобладал N_орг, во внешней ее части – нитраты, в районе влияния очистных сооружений г. Петрозаводска – азот аммонийный, доля Р_мин уменьшалась от вершины залива к внешнему району (от 63 до 40 % от Р_общ). В Кондопожской губе, подверженной влиянию сточных вод ЦБК, азот был представлен преимущественно минеральными формами, их доля снижалась от вершины к внешней части, тогда как в пространственном распределении форм фосфора наблюдалась обратная тенденция. Содержание органического вещества в снеге и во льду в исследованных районах Онежского озера было низким. Повышенная концентрация ОВ в подледной воде заливов по сравнению с центральной частью озера обусловлена влиянием речного стока и сточных вод.