В течение последних десятилетий популяции дикого северного оленя в европейской части России подвергаются значительному антропогенному прессу, что приводит к сокращению и фрагментации его ареала. Для понимания механизмов адаптации и устойчивости этого краснокнижного вида в сложившейся ситуации и разработки научно обоснованной стратегии сохранения дикого северного оленя необходимы знания о генетической структуре и разнообразии его населения в разных частях ареала. Изучение филогеографической структуры и генетического разнообразия лесного подвида северного оленя в Республике Карелия выполнено на основе данных полиморфизма мтДНК. Выявленные генетические особенности популяции лесного северного оленя обусловлены процессами исторического расселения и влияния домашнего оленеводства соседних регионов. Описано 25 гаплотипов фрагмента контрольного региона мтДНК, из которых 12 не были зарегистрированы в других исследованиях, а 13 встречались ранее у диких и домашних северных оленей России, Финляндии и Норвегии. Для населения подвида в Республике Карелия получены высокие значения генетического разнообразия как для всей выборки в целом, так и для большинства территориальных группировок в отдельности. Оценка генетической дистанции между территориальными выборками северных оленей республики показала отсутствие дифференциации между топозерской, поньгомо-куземской, кухмо-каменноозерской и нюкозерской группировками. Филогенетическая реконструкция, выполненная с учетом данных из международной базы GenBank, показала, что полученные нами гаплотипы относятся к двум ранее описанным гаплогруппам северного оленя. Большая часть гаплотипов (H = 16; 65 %) отнесены к широко распространенной предковой гаплогруппе III, остальные – к I западно евразийской. Структура медианной сети демонстрирует отсутствие дифференциации этих двух линий гаплотипов по территориальному признаку.