Приведены результаты комплексных исследований современного состояния наземных и водных экосистем юго-востока Якутии на примере территории Усть-Майского района республики. В почвенном покрове исследуемого района установлена вертикальная зональность с преобладанием мерзлотных подбуров и слаборазвитых почв, выявлены высокие концентрации тяжелых металлов, превышающие гигиенические нормативы, в том числе элементов первого класса опасности: ртути, цинка и свинца. Поверхностные воды исследуемых водотоков данной территории характеризуются малой минерализацией с нейтральной и слабощелочной средой, с преобладанием в ионном составе гидрокарбонатов, кальция и магния. В исследованных водах отмечены превышения нормативов ПДК для рыбохозяйственных целей по железу, меди, алюминию и ртути, что связано не только с природными особенностями района, но и с влиянием добычи полезных ископаемых. Состав техногенных вод хвостохранилищ поселков Аллах-Юнь и Звездочка показывает повышенные уровни свинца, ртути и кадмия. Анализ донных отложений выявил локальное накопление марганца, цинка, свинца и кобальта в природных водотоках, а также ртути в техногенных водоемах. В таких условиях исследование зоопланктонного сообщества указало на его угнетенное состояние. В целом для данного района возникает необходимость проведения долгосрочного мониторинга для оценки источников загрязнения и их воздействия на экосистемы. Особое внимание предлагается уделить заброшенным гидротехническим сооружениям поселков Аллах-Юнь и Звездочка, которые рекомендовано включить в ГРОНВОС для разработки мер по снижению экологического риска.