В работе представлена модель системы биологической очистки осадков сточных вод. Поставлена задача стабилизации процесса биоочистки при кусочно-постоянном входном потоке загрязнений для общего вида трофических функций, описывающих процесс окисления и входные потоки. Модель представляет собой систему нелинейных обыкновенных дифференциальных уравнений. Посредством замены переменных построена более простая для анализа вспомогательная система линейных дифференциальных уравнений. Показано существование периодического решения вспомогательной системы. На основе данного результата решена задача стабилизации исходной системы биоочистки. Получен вид управлений, обеспечивающих локализацию периодического решения. Показано, что для любых начальных данных происходит синхронизация решений системы.