Рассматриваются основные группы фауны Ладожского и Онежского озер: рыбы, моллюски, ракообразные и олигохеты, пути их формирования. Они были различными не только в этих озерах, но и в каждом из них и зависели от климатических и геологических характеристик. В ряде случаев особенности фауны не подтверждают принятую в настоящее время плейстоценовую или голоценовую геологическую обстановку района. Большая морфологическая схожесть реликтовых ракообразных и рыб Ладожского озера со своими морскими предшественниками рядом авторов объясняется более длительной связью его с морем, но она может быть обусловлена и в два раза большей минерализацией его вод, по сравнению с онежскими. Показано, что ряд морских реликтов таковыми не являются.