Работа основана на использовании трехмерных моделей гидротермодинамики и экосистемы Онежского озера для обоснования методов сохранения качества воды в озере. Расчеты выполнены при разных климатических условиях и биогенных нагрузках. Получены оценки ассимиляционного потенциала и предельных нагрузок на озеро для сохранения качества вод. Применяются также математические модели для изучения распространения загрязняющих веществ в озере.