Сводный список фитопланктона пелагиали и литорали Онежского озера насчитывает 775 видов, разновидностей и форм водорослей, принадлежащих к 8 отделам, 16 классам, 30 порядкам, 76 семействам и 155 родам. Разнообразнее видами диатомовые, зеленые, синезеленые и золотистые водоросли (93 % от общего списка). Наиболее высокие флористические пропорции в планктонной флоре имеют диатомовые водоросли. Для фитопланктона характерно большое число одновидовых и маловидовых семейств и родов. Планктонная флора представлена в основном космополитными видами с существенной долей бореальных и арктоальпийских форм (53 % от общего состава), индифферентными по отношению к солености (75 %) и pH воды (51 %), олигосапробными, олиго-β-мезосапробными и β-мезосапробными видами (79 %).