История издания ведется с 1947 г., когда вышел первый выпуск «Известий Карело-финской научно-исследовательской базы Академии наук СССР». В 1954 г. они были переименованы в «Труды Карело-Финского филиала Академии наук СССР», затем в «Труды Карельского филиала АН СССР». Всего вышло 40 выпусков.



В 1999 г. после длительного перерыва в Карельском научном центре РАН было решено возобновить издание «Трудов Карельского научного центра РАН». До 2008 г. были подготовлены 14 выпусков.



В начале 2009 г., в связи с модернизацией полиграфической базы КарНЦ РАН (приобретены печатная и брошюровочная машины) и стабильной подготовкой нескольких выпусков «Трудов КарНЦ РАН», Президиум КарНЦ РАН посчитал возможным перевод «Трудов КарНЦ РАН» из формы продолжающегося научного издания в периодическое и принял соответствующее постановление, утвердив главного редактора, состав редакционного совета и положение о «Трудах КарНЦ РАН».